中医学将溃疡性结肠炎归属于“泄泻”“痢疾”“肠风”“肠癖”“便血”等范畴。多年来中医药治疗溃疡性结肠炎有较好的治疗效果，其独特优势在于中医治病求本，在整体观念的指导下，通过辨病结合辨证、局部结合整体，灵活用药，正确立法选方。运用多种形式可显著改善全身症状，减少并发症及复发率，提高用药安全性以及患者的生活质量。
中医治宜复枢之气血 ，得气血之和。名老中医认为少阳枢机不利是溃疡性结肠炎发病基础。故在其治疗时，首要治疗法则就在于疏少阳之气。常用柴胡、香櫞、佛手、香附等理肝胆气机，用厚朴桔梗、枳壳、紫苏梗等药物梳理三焦气机，而尤善用柴胡凹。此外，在治疗中，也多使用白芍、麦芽柔肝和胃，延胡索、郁金疏调气血，龙骨，牡蛎宁心安神，减轻焦虑。
中药调脾胃气机治疗本病。少阳枢机不利，极易影响中焦脾胃升降，在疏利少阳同时。常用升麻、葛根、桔梗等药物调和脾胃气机。且溃疡性结肠炎其本为脾虚，在治疗中也常加用补气健脾类药物，如茯苓、炒白术、炒薏苡仁、黄芪、党参、山药等。
调气兼调血气郁化热，灼伤血络是溃疡性结肠炎发作的重要病机。气为血之帅，血为气之母，气畅则血行，血行则诸脏腑不失濡养，机体才可进行正常的生理活动。溃疡性结肠炎患者少阳气机不利，脾胃升降受损，日久及血，化瘀生热。中医治疗除疏少阳、脾胃气机外，也多用调血行气之药物如川芎、三七、乳香、没药等，佐以儿茶、白及、仙鹤草等药物收敛生肌。
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